Farmakoekonomika (pharmacoeconomics) jest dziedziną wiedzy znajdującą się na pograniczu medycyny, farmacji i ekonomii. Jej początki sięgają połowy lat 60-tych XX wieku, kiedy to w USA oraz Wielkiej Brytanii zaczęto liczyć koszty terapii na potrzeby płatników za świadczenia medyczne, tzn. ubezpieczycieli i rządów. Stale zwiększająca się liczba dostępnych na rynku leków opcji terapeutycznych oraz silna konkurencja wśród firm ubezpieczeniowych zrodziła potrzebę dokonywania wyboru właściwego leku w oparciu o ocenę jego efektywności - zarówno klinicznej jak i ekonomicznej.

Farmakoekonomika zajmuje się ekonomiczną oceną produktów leczniczych, koncentrując na analizie relacji pomiędzy kosztami i wynikami. Pod pojęciem kosztów w analizie farmakoekonomicznej rozumiana jest wielkość nakładów zużytych do realizacji danego programu zdrowotnego i dla uzyskania konkretnego wyniku, natomiast wynikiem programu zdrowotnego jest rzeczywisty skutek jego działania w warunkach naturalnych, mający znaczenie kliniczne i uwzględniający jakość życia pacjenta.

Z uwagi na znaczenie farmakoekonomiki dla procesu podejmowania decyzji przy wyborze programów zdrowotnych, w wielu krajach (również w Polsce) istnieją wytyczne „dobrej praktyki farmakoekonomicznej”, określające m.in. metodykę oraz zasady etyczne obowiązujące przy prowadzeniu badań farmakoekonomicznych.